Учреждение создано приказом Министерства образования Российской Федерации от 20.03.2001 № 1064 как государственное учреждение «Научно-методический центр Министерства образования Российской Федерации по аттестации образовательных организаций» и передано в ведение Рособрнадзора распоряжением Правительства Российской Федерации от 31.12.2004 № 1749-р. 

Приказом Рособрнадзора от 21.10.2015 № 1888 центр переименован в Федеральное государственное бюджетное учреждение «Федеральный институт оценки качества образования». 

Основными целями деятельности ФГБУ «ФИОКО» являются: 

- информационное и аналитическое сопровождение деятельности Рособрнадзора; 

- содействие Рособрнадзору в осуществлении его полномочий, в том числе в ведении информационных ресурсов. 

Предметом основной деятельности ФГБУ «ФИОКО» является содействие Рособрнадзору в осуществлении его полномочий путем организационного, информационно-аналитического и организационно-технологического обеспечения.